Ghislaine Filliatreau est titulaire d’un doctorat d’Etat en biologie (1991) et directrice de recherche Inserm. Jusqu'en 1993, comme chercheur puis responsable d'équipe, elle réalise des travaux en neurobiologie cellulaire. En 1994, elle rejoint le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, où elle travaille notamment sur de nouveaux outils et pratiques de communication scientifique. Entre 1997 et 2002 elle développe, dans différentes structures de ce ministère, des méthodes pour la veille scientifique, l'analyse des politiques de recherche et l'aide à l'évaluation. Elle rejoint l'Observatoire des Sciences et des Techniques (OST) en 2002 comme directrice adjointe, et en est nommée directrice en 2005. Elle est notamment l’auteur (en collaboration avec Michel Zitt) de Big is (made) beautiful – Some comments about the Shanghai-ranking of world-class universities, UNESCO-CEPES, 2006.